Умение определять функцию генов путем их «заглушения» или удаления не очень помогает, потому что у растений одну и ту же роль могут выполнять сразу несколько генов. Удаление одного из них может всего лишь включить другой, что мешает установить связь между конкретным геном и его функцией. Кроме того, клетки растений способны чувствовать повреждение мембран, хлоропластов и ядер, которые происходят во время удаления гена, и реагировать на это, включая механизмы защиты.